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吉林大学第二医院(以下简称吉林大学第二医院)前身为白求恩医科大学第二临床学院，创建于1948年。 1958年，第三军医大学第二学院与军医大学第二临床学院统称长春医学院第二临床学院。 1959年更名为吉林医科大学第二临床学院。1978年8月正式定名为白求恩医科大学第二临床学院。 2000年6月，五校合并后更名为吉林大学第二医院。
吉林大学第二医院是一所综合性临床学院。中心、东北母乳喂养培训中心、吉林省皮肤性病防治所、吉林省消化内镜诊疗中心、吉林省心血管病介入调节中心、吉林省脊柱外科调节中心、吉林大学糖尿病胰岛素泵强化调节中心中心设有癌症预防中心和眼疾预防中心两个分院。是卫生部临床药理基地和卫生部国际紧急救援中心网络医院。设有临床科室27个，医技科室12个，教研室15个，博士生导师17人，硕士生导师96人，开放床位1000张。医院仪器设备不断更新，包括核磁共振机、数字减影机、MX8000D多层螺旋CT机、眼科准分子激光曲率矫正仪、NT系列内窥镜影像显示器、彩色多普勒、眼科氩/氪激光机、YAG激光机、全自动生化分析仪、直线加速器、钴60放射调节机等大型设备300余台。全院现有职工1248人，其中高级职称203人，中级职称478人，各级护理人员403人。每年完成住院患者约14000人次，门诊量超过500000人次。此外，还承接医学二系、妇幼保健系、口腔医学系800余名本科生，以及学校的成年教师。承担教育学院、护理学院等学院学生的临床教学任务。同时培养了一大批研究生和进修生。 2000年以来，学院先后获得国家教委、卫生部和省、市各级科研成果奖励84项，发表各级学术论文1402篇，开发新技术、新疗法95项。
吉林大学第二医院妇产科、眼科是学校临床重点科室。在神经管畸形宫内诊断等方面的研究，受卫生部委托多次举办培训班推广应用。近年来，宫腔镜、腹腔镜、阴道镜、胎儿远程监护、试管婴儿技术的开展，提高了妇产科水平。妇幼卫生司在妇幼保健方面做了大量工作，被世界卫生组织联合国儿童基金会指定为“基层妇幼保健/计划生育”合作项目区域专家组.眼科在国内率先开展房水动力学研究，研制出房水光度计，为探索青光眼的发病机制和药物降压机制提供了新的方法。母细胞瘤的诊断和研究处于国内分子医学前沿，开发了具有国际水准的眼底图像计算机处理系统。进口准分子激光调节机为近视、弱视调节开辟了新局面。
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